Het derde seizoen draaide om Beacon Hill, de high society in Boston. Rohr heeft de FBI verlaten en zijn politiepenning in de haven van Boston gegooid. Hij krijgt een goedbetaalde nieuwe opdracht als beveiliger voor een rijke familie. Het leven is goed totdat geheimen ontrafeld worden. Wanneer een onderzoek wordt geopend, ziet assistent-officier van justitie Ward (Hodge) een kans om eindelijk het vastgeroeste apparaat die een gebroken strafrechtsysteem in stand houdt uit te schakelen. Siobhan Quays (Lauren E. Banks), die een bouwvakker vertegenwoordigt die ernstig gewond is geraakt op het verkeers- en stedenbouwkundig project de Big Dig, komt de corruptie van de stad uit de eerste hand tegen, terwijl ze de traumatische gebeurtenissen van haar afgelopen jaar nog moet verwerken. Zoals Jenny Rohr (Jill Hennessy) kan bevestigen, gezien haar geschiedenis met haar vader, zullen sommige ervaringen je voorbij je breekpunt achtervolgen.
"City on a Hill sloot zijn succesvolle tijd op Showtime af met de finale van seizoen drie", luidt een verklaring van Showtime. “We hebben alleen maar de beste ervaring gehad met Kevin Bacon, Aldis Hodge en de hele cast en crew, geleid door showrunner Tom Fontana en collega-uitvoerende producenten, waaronder Jennifer Todd en Jorge Zamacona. We bieden iedereen onze oprechte dank aan.”
In Nederland zijn de drie seizoenen van City on a Hill te zien bij Ziggo.