Scrubs volgt de professionele en privélevens van het personeel van de Sacred Heart Hospital, een fictief Amerikaans ziekenhuis. Vanuit de ogen van het hoofdpersonage John 'J.D.' Dorian (Zach Braff) wordt de komst van drie stagiairs gevolgd en de manier waarop zij medewerkers in het ziekenhuis worden.
De serie gebruikt onder andere een voice-over waarin de gedachtes van J.D. door hem zelf aan het publiek wordt verteld, waarbij er veel parallellen tussen de verschillende subplots zijn en veel onrealistische scènes, vaak dagdromen van één van de hoofdpersonages. Tegenover het regelmatig gebruik van humor staan dramatische scènes die vaak gaan over de harde realiteit van het werk als dokter. De show had drie medische adviseurs in dienst, die ervoor zorgen dat alle medische gegevens in de show kloppen.
In tegenstelling tot de meeste sitcoms werd Scrubs vrijwel altijd zonder publiek met één camera opgenomen. Daardoor krijgt de serie in beeld veel meer het gevoel van een medische serie zoals ER of Grey's Anatomy. Veel van de afleveringen eindigen met een montage van beelden op muziek, terwijl J.D. in de voice over de verschillende verhaallijnen thematisch aan elkaar linkt. Hoewel in veel van de verhaallijnen medische zaken een rol spelen zijn de thema's die vaak voorkomen veel algemener, zoals vriendschap, liefde en opgroeien.
De titel slaat op de chirurgische kleding, die in het Engels ‘scrubs’ wordt genoemd, maar ook op de betekenis in slang, waar het dan staat voor nieuw en onervaren. Hoewel de finale van het achtste seizoen bedoeld was als het einde, kwam er toch nog een negende seizoen, waarin de focus werd verlegd naar een jongere generatie doktoren. Wel keerden verschillende oude castleden (onder wie Zach Braff) nog even terug.
